Užhorodská únia z roku 1646 (teda cirkevná dohoda, ktorou pravoslávny rusínky (ruthénsky) klérus Mukačevskej eparchie ustanovil jednotu s rímskou cirkvou) našla širokú odozvu na území východného Slovenska a na Podkarpatskej Rusi. Obe tieto oblasti majú svoje vlastné dejiny Rusínov (Ruthénov) a gréckokatolíckych Slovákov. V roku 1818 bola definitívne Svätou Stolicou schválená pápežskou bulou Relata semper Prešovská gréckokatolícka diecéza. Vznikla v roku 1815 výnosom viedenského dvora ako výsledok úvah o nutnosti rozdelenia rozsiahlej Mukačevskej eparchie v rozsahu už fungujúceho Košického gréckokatolíckeho vikariátu. Po biskupoch – zakladateľoch eparchie (Gregor Tarkovič, 1816-1841; Jozef Gaganec 1848-1875) v nej pôsobili maďarskí biskupi Mikuláš Tóth (1876-1882), Ján Valyi (1882-1911) a Štefan Novák (1913-1918). Po prvej svetovej vojne boli diecézy Prešov a Mukačevo zahrnuté do územia nového štátu Československo. Prešovskú diecézu viedol Mikuláš Russnák (1918-1922) ako dočasný správca. Krátko viedol diecézu apoštolský administrátor Dionýz Njarady, križevacký biskup. V roku 1926 bol menovaný za apoštolského administrátora, neskôr za sídelného biskupa, blahoslavený Pavel Peter Gojdič. Po pripojení Podkarpatskej Rusi k Sovietskemu zväzu na konci druhej svetovej vojny zostala v Československu len diecéza prešovská.

 V apríli 1950 prebehla v Prešove „synoda“ (tzv. Prešovský sobor) usporiadaná úplne v réžii novej komunistickej vlády a jej represívnych zložiek. Táto synoda manifestačne zrušila úniu s Rímom, vyhlásila gréckokatolícku cirkev na Slovensku za zrušenú a násilne previedla veriacich, chrámy i majetok prešovskej diecézy do vlastníctva Pravoslávnej cirkvi v Československu. Veľká väčšina veriacich a kňazov zostala únii verná a hľadala si formy svojho ďalšieho neverejného života. Prešovský biskup blahoslavený Pavol Peter Gojdič OSBM (1926-1940, sídelným biskupom 1940-1960) a jeho svätiaci biskup blahoslavený Vasiľ Hopko (+1976) boli spolu s mnohými kňazmi uväznení, iní boli vysťahovaní. Biskup Gojdič zomrel vo väzení v roku 1960 v povesti svätosti a mučeníka.

 Táto situácia trvala až do roku 1968, kedy vďaka priaznivejším politickým okolnostiam tzv. Pražskej jari vedenej Alexandrom Dubčekom (+1992) bolo dovolené bývalým gréckokatolíckym farnostiam, pokiaľ si to želali, znova sa vrátiť ku katolicizmu. Z celkového počtu 292 farností sa ich do spoločenstva s Rímom vrátilo 205. Bola to jedna z mála Dubčekových reforiem, ktorá pretrvala aj po invázii vojsk Varšavskej zmluvy v roku 1968. Väčšina náboženských budov však zostala v rukách pravoslávnych. Ordinárom sa stal novovymenovaný apoštolský administrátor Ján Hirka (1969 až 1989, sídelný biskup 1989-2002). Po páde komunizmu v roku 1989 postupne došlo k majetkovému vyrovnaniu a normalizácii duchovnej správy i vnútorných štruktúr cirkvi. V roku 2002 bol menovaný za nového prešovského sídelného biskupa Ján Babjak SJ. V roku 2008 bolo dovŕšené úsilie slovenských gréckokatolíkov zriadením novej metropolie v Prešove pápežom Benediktom XVI.. Jej súčasťou sa stal Apoštolský exarchát v Košiciach (založený v roku 1997 s exarchom Milanom Chauturom CSSR a povýšený na Košickú eparchiu) a novozriadená Bratislavská eparchia na čele s bratislavským eparchom Petrom Rusnákom. V roku 2013 bol menovaný Milan Lach SJ za prešovského pomocného biskupa.

Po roku 1989 sa obnovila činnosť teologickej fakulty v Prešove (Gréckokatolícka teologická fakulta Prešovskej univerzity v Prešove) a kňazského seminára v Prešove (Gréckokatolícky kňazský seminár bl. Biskupa P.P.Gojdiča v Prešove), rehoľný život (Baziliánsky rád sv. Jozafáta, Gréckokatolícki redemptoristi michalovskej viceprovincie, Rád sestier sv. Bazila Veľkého, Kongregácia sestier služobníc Nepoškvrnenej Panny Márie) a vznikli aj nové inštitúcie (Gréckokatolícka charita, Centrum Spirituality Východ-Západ Michala Lacka v Košiciach, ktorú vedú slovenskí jezuiti) a cirkevné školy. Gréckokatolíci na Slovensku vydávajú časopisy Slovo, Theologos, Misionár a Logos.

Veriacich je celkom približne 220 000 (4,1% celkového počtu obyvateľov Slovenska). Ku gréckokatolíckej cirkvi sa hlási aj 17 000 veriacich rusínskej (ruthénskej) národnosti, ktorí prijali slovenskú kultúru, lebo je k dispozícii len veľmi málo literatúry v rusínskom (ruténskom) jazyku a liturgia je takmer vždy slúžená v cirkevnej slovančine alebo v slovenčine.

V roku 1996 vznikol oddelením Apoštolský exarchát pre katolíkov byzantského obradu v Českej republike zo sídlom v Prahe (apoštolským exarchom je Mons. Ladislav Hučko). 

(Spracované podľa diela: Farrugia E.G. (ed.): Encyklopedický slovník křesťanského Východu, Olomouc 2008)